Βάσει του καταστατικού της Π.Ο.Ε. - ΥΠ.ΠΟ. όργανα διοίκησης της Ομοσπονδίας είναι τα εξής:

  • Το Συνέδριο των αντιπροσώπων των Συλλόγων-μελών της, το οποίο είναι το κυρίαρχο και αποφασιστικό όργανο της Π.Ο.Ε. - ΥΠ.ΠΟ.
  • Το απαρτιζόμενο από τριάντα τρία (33) μέλη Γενικό Συμβούλιο (Γ.Σ.).
  • Η απαρτιζόμενη από έντεκα (11) μέλη Εκτελεστική Επιτροπή (Ε.Ε.)

Όργανο ελέγχου της διαχείρισης των οικονομικών του Γενικού Συμβουλίου είναι η πενταμελής (5μελή) Επιτροπή Οικονομικού Ελέγχου.